系统方面，小辣椒S2采用了阿里巴巴的YunOS系统，其作为一款第三方适配的系统却显得格外成熟。
其实，阿里YunOS诞生的时间较早，这款系统在早先诞生之初被称作为安卓之外的另一款基于Linux架构的自主国产系统，尽管我们无从考证阿里官方说法是真是假，但是单就产品来说，这款系统的亮点还是非常多的。
从外观上讲，阿里YunOS同样的扁平化设计让整个系统与目前的安卓第三方系统向齐肩，流畅的运行也几乎不挑平台，即便是像小辣椒S2这样仅有1GB内存的机型也照样可以流畅运行。
另外，YunOS系统内置了丰富的基本应用，整体的表现也非常全面，体验也非常人性化，确实比不少厂商的自主系统要易用的多。
譬如，完备的安全性，专门针对支付等关乎用户隐私和个人财产安全的地方进行了强化，另外，基于阿里巴巴的神马搜索也进行了深度整合，甚至包含了智能语音和内容聚合，让整个系统拥有极佳的云平台效果，这也是阿里YunOS的强势所在。
另外，为了能让智能手机这种终端更加智能化，YunOS系统也通过sensor进行了定制，譬如加入了隔空操作，智能接听等全新操控模式，另外还有专门针对老年人的老人模式等等，无不体现了这款系统的入微之处，人性化已经爆表。
