在软件系统上，小辣椒V11继续采用了阿里深度开发的YunOS系统，这款系统不仅保持了与安卓系统相似的风格，并且易用体验甚至不亚于任何安卓机型。
据悉，此次YunOS 5.1.1系统针对小辣椒V11进行了专属定制优化，除了集合了大量阿里巴巴旗下互联网生态内容，譬如，优酷土豆的视听内容，掌阅的图书，虾米音乐，高德地图，天猫，支付宝以及完备的应用市场和手机管家程序。除此之外，整个系统的智能化表现也非常卓越，最为典型的就是支持智能接听电话，隔空操作，体感拨号，老年模式，人脸识别等等，同时还加入更高效的截屏和拍摄功能，以及多达8个的应用分身，体验的便捷程度可见一斑。
值得一提的是，小辣椒V11的系统安全也进一步提升，其提供了专属的私密应用加密功能，专属设计的应用抽屉不仅使用更为方便，也有效避免了隐私泄露，基于阿里巴巴针对支付安全的强大优化，小辣椒V11可谓做到了既全面又流畅，既省电又安全，不失为系统应用层面和硬件的完美CP。
